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法人股和自然人股的主要区别在于持股人身份、税负、权利、转让规定、风险承担等方面有所不同。
1、持股人身份不同
法人股的持股人身份是企业法人或具有法人资格的事业单位和社会团体；自然人股的持股人身份是具有公民身份的个人投资者。
2、税负不同
自然人股东收到分红，需由公司代扣代缴个人所得税；而法人股东收到的分红，则由法人股东自行缴纳所得税。两者在税收比例上、税收缴纳方式上都有所不同。
3、权利不同
自然人股东享有并直接行使股东权利并承担义务，如参加股东会，查阅财务会计资料、领取股红等；法人股东其权利义务的行使承担，需通过具体人的行为来完成，方式为派出股东代表，凭授权委托手续代表其完成，后果由组织承担。
4、转让规定不同
自然人股可以在自然人之间自由转让，而法人股属于限售股的范畴，不能公开交易，只能在法人之间转让。根据《公司法》关于有限责任公司股权转让的规定，有限责任公司股东之间可以自由转让股权，无需经过其他股东的同意，向股东以外的第三方转让股权时，须经全体股东过半数同意。
5、风险承担不同
自然人股东以其个人名义行使权利，并由个人承担责任；法人股东则由其所属的法人实体承担责任，另外法人股东可能涉及多个自然人或法人共同承担亏损风险。
